GMOトラスト・ログインのプロダクトオーナーをしております森と申します。

iOSでは、構成プロファイルを用いて端末にインストールされた証明書は、一部の例外を除きApple純正アプリ以外から参照できない仕様となっております。本事象はChromeを含むApple純正以外のブラウザに共通するiOS側の制限であり、ChromeやGMOトラスト・ログインの設定変更で解消できるものではございません。

恐れ入りますが、iOS端末でクライアント認証をご利用の際は、Safariの利用をご検討くださいますようお願い申し上げます。
どうぞよろしくお願いいたします。