パスワード一括設定のウィザードで出てくるユーザは全ユーザで、アプリ割り当てしていない人まで出てきます。選択しないこともできますがその場合は自分でリストを作る必要があります。必要なのはアプリ割り当てした人であって、もれなくやるためにも、アプリ割り当てしている人を一括選択した設定用ダウンロードファイルを落とせる機能があってもいいと思います。

対象システム側でユーザの一覧を作れると考えるかもしれませんが、そうとは限りません。代理パスワード入力は（SAMLでもですが）、システムによって一部ユーザは直接ログインする方法を提供しており、一部ユーザはその方法を使わせる運用もあります。

TrustLoginから利用する人は、TrustLoginに設定しているのであって、こちらでもリストを作れていいと思います。逆に対象システム側にもそのパスワードを流し込むこともできるわけです。