Chromeの設定はポリシーを社員のPCに配布することで制御できます。
パスワード管理機能のポリシー名「PasswordManagerEnabled」でこれを「false」に指定します。
詳しい設定については、以下の「企業向けChromeヘルプ」を参照してください。
端末用の Chrome ポリシーを設定する
https://support.google.com/chrome/a/answer/187202?hl=ja
Policy List - PasswordManagerEnabled
https://www.chromium.org/administrators/policy-list-3#PasswordManagerEnabled
・参考記事
危険!Chromeの機能でID・パスワードを保存していませんか?